Benih merupakan komponen dasar dalam menentukan produktivitas tanaman kakao. Benih yang sehat dapat merupakan faktor penting dalam menentukan keberhasilan produktivias kakao. Benih kakao mempunyai kadar air cukup tinggi sehingga berpotensi terinfeksi cendawan, yang dapat menurunkan mutu benih dan produksi kakao. Penelitian bertujuan untuk mengisolasi dan mengidentifikasi beberapa cendawan terbawa benih pada kakao hibrida. Penelitian dilakukan di Kebun lnduk Benih Pusat Penelitian Kopi dan Kakao lndonesia, Jember, Laboratorium Mikrobiologi, Balai Penelitian Bioteknologi Perkebunan Indonesia, dan
Laboratorium Pengendalian Hayati IPB Bogor pada bulan Juni sampai Oktober 2008. Penelitian menggunakan benih kakao hibrida dari hasil persilangan buatan antar TSH 858 dengan Sca 6, dan percobaan disusun dengan rancangan acak lengkap dengan 3 ulangan. Benih ditumbuhkan pada 3 media, yaitu water agar (WA), Potato dextrose agar (PDA), dan kertas saring (KS). Tingkat infeksi pada benih diamati setiap hari dan dianalisis dengan analisis sidik ragam dan dilanjutkan dengan uji selang berganda Duncan. Cendawan diisolasi, dibiakkan, dimumikan, dan diidentifikasi dengan menggunakan buku kunci identifikasi. Tingkat infeksi cendawan terbawa benih kakao hibrida tertinggi terdapat pada hari keempat (35,00%) dan kelima (51,67%) pada media PDA. Sebanyak 13 spesies cendawan terbawa benih kakao hibrida berhasil diidentifikasi dengan menggunakan media WA dan PDA, serta 8 spesies cendawan dengan media KS. Ke-13 cendawan terbawa benih yang ditemukan sangat berpotensi menurunkan mutu fisiologis benih dan produktivitas kakao. Cendawan tersebut perlu diuji lebih lanjut karena masing-masing memiliki sifat-sifat patogenik, saprofitik, atau antagonistis terhadap cendawan lain pada benih kakao. Cendawan terbawa benih kakao hibrida paling dominan adalah Aspergillur spp., Penicillium chrysogenium, Coletotrichum acutatum, Curvularia geniculata, dan Fusarium spp. Cendawan-cendawan yang diduga berbahaya adalah Aspergillus spp., Coletotrichum acutatum, Curvularia geniculata, Fusarium spp., Phoma glomerata, dan Macrophoma sp., dan yang diduga bersifat patogenik adalah Aspergillus flavus, Aspergillus ochraceus, Cladosporium herbanum, Curvularia geniculata, Fusarium orysporum, Phoma glomerata, dan Macrophona sp.
